Nederduitse (Hervormde) gemeente
Jaarlijks kiest het zogenaamde Collegium Qualificatum (samengesteld uit leden van de kerkenraad en van het stadsbestuur) nieuwe ouderlingen en diakenen. In 1697 zijn afgevaardigden namens het stadsbestuur de baljuw mr. Cornelis Eversdijk en burgemeester Jacob Nollens.
De predikant ds. Abraham Oosterland neemt in 1697 een beroep aan van de gemeente te ’s-Gravenhage.
De vier predikanten komen in 1697 in conflict met het stadsbestuur. Het notulenboek van de kerkenraad van de Hervormde gemeente vermeldt: De eerwaarde broeders predikanten hebben op gisteren ieder van ons int particulier aan huijs met veel ernst komen begroeten, teneinde onze resolutie tot toelating van het poppenspel op de aanstaande jaermarkt ongedaan te maken. Ze verzoeken in een vergadering van het stadsbestuur te worden gehoord. Het stadsbestuur besluit echter dit verzoek af te wijzen.
Opmerkelijk is dat de stadsrekening van 1698 uitgaven laat zien van £ 10 aan de proponent De Koo hetgeen hem jaarlijks tot bevordering van sijn studie in de Heilige Theologie is toegelegd, aan de predikant ds. Abraham Oosterland wegens transport van zijne meubelen en van £ 25 aan ds. Johannes Leijdekker het augmentum of extra ordinaire toelage als rustend predikant. Ds. Leijdekker was predikant te Goes aan het einde van de 17e eeuw.
In augustus 1699 vraagt de kerkenraad deputaten naar het Collegium Qualificatum af te vaardigen ter bevordering van het ontslag van ds. Carolus Thuijneman, bedienaar van het Goddelijke Woord alhier, en nu beroepen leraar in de gemeente te Middelburg. In zijn plaats wordt beroepen ds. Schalkwijk à Velde uit Wemeldinge. Stadsbode Nicolaas Engelse krijgt een vergoeding uit de stadskas van £ 6.19.10 voor tgeen denselve heeft verschoten op de reijse naar Wemeldinge om ds. Schalkwijk à Velde te horen prediken. De Goese predikant ds. Petrus Schermer krijgt een vergoeding van £ 5 wegens het inbrengen van de beroeping gedaan op ds. Schalkwijk à Velde in de Classis van Goes.
In 1699 wordt een Placcaat van de landsregering gepubliceerd betreffende een algemene dank-, vast- en bededag over alle de geruïneerde provinciën, geassocieerde landschappen, steden en leden van dien op 25 februari en om een generale collecte te laten geschieden, des anderen daags, voor de hooggaande nood van wel elf duizend arme en verdreven Franse gerefugeerden, zo uit Zwitserland, Piëmont en de Palts. Het stadsbestuur verdeelt de stad in vier wijken en besluit van huis tot huis in de stad rond te gaan met de collectebus. De collecte tot soulagement en vertroostinge van de voorseide religione verwanten brengt in totaal de som van £ 238.18.7 op. Onder de opgezetenen van het platteland, de dorpen op Zuid-Beveland, collecteert men ook nog eens ruim £ 300. De schepenen Johan van Dorth en Bernard Schorer en de stadssecretaris Pieter Lammens hebben alles nagezien en alsoo bevonden. Aan de Ontvanger-Generaal wordt in goede ganckbare gelden gesonden de somme van £ 539.14.4. De overige penningen als duyten, quade stuijvers en vijf grooten penningen, sijn aan de secretaris Lammens overhandigd om deselve als Regent van de armcamer aldaer aan de arme mensen te verdeijlen.
De kerkmeesters constateren in 1700 dat de rekening van de kerkgoederen een aanmerkelijk tekort laat zien. De lasten van de kerk zijn met het gewone inkomen niet gaande te houden. De kerkmeesters krijgen toestemming om ten laste van de kerkgoederen te lenen een bedrag van £ 400 Vlaams om daarmee het kwade slot op de dringendste schulden te voldoen. Verder besluit het stadsbestuur dat voortaan van alle vaste stoelen in beide kerken, dus boven hetgeen de kosters nu ontvangen, zal worden geheven van iedere stoel vier schellingen en twee groten Vlaams. Dit zal door de kosters met alle trouw en naarstigheid worden geïnd en ontvangen. Ook degenen die hun stoel mee naar huis nemen zullen voortaan een vaste stoel kunnen krijgen als ze vooraf voor hun kerkelijke recht betalen £ 2.10 per stoel.
In juli 1701 brengt de voorzitter van de kerkenraad een bezoek aan de burgemeesters en de baljuw. Hij deelt mee dat door het overlijden van de heren burgemeester Gruywart en Nolet hare consistorie ontbloot was van twee ouderlingen en of hun edelachtbaren het niet dienstig zouden oordelen deze plaatse te vervullen met andere bekwame personen.
Waalse gemeente
De Waalse gemeente wordt gediend door een Frans predikant, ds. Jean Le Fargé. Uit de stadsrekeningen blijkt een jaarlijks traktement ten laste van de stad van £ 33.6.8. Hierop heeft de Waalse predikant recht ingevolge een resolutie van de Staten van Zeeland van 8 maart 1686.
In 1698 dient de stadsschoolmeester Jacob van Merris een rekest in bij het stadsbestuur. Hij schrijft dat hij nu een jaar achtereen als voorzanger de kerkendienst in de Waalse gemeente in de plaats van meester Jan de Swart heeft waargenomen op een half traktement. Hij verzoekt dit te herzien, temeer alzo door deze dienst hij moet missen de jaarlijkse toelage voor het bedienen van de armenbussen des sondags. Het stadsbestuur besluit hem een zodanig bedrag toe te zeggen als jaarlijks wordt genoten door ieder van de bedienaars van deze armenbus.
Rooms-katholieke gemeente
De rooms-katholieke gezindte komt dit jaar uit haar schuilkerk. Het notulenboek vermeldt onder 25 maart 1697 dat Haar edelachtbaren voor enige tijd ondervonden hebbende dat die van de Paepse religie alhier hebben ondernomen een woonhuijs, staande achter de Grote kerk, te affroyeren en te bekwamen tot een formele kerke. En gezien hare buitensporige ongehoorzaamheid, dat jegens het expres verbod van haar achtbaren het ontgonnen werck nu bijnae hadden geperfectioneerd, strekkende deze stoute onderneming ende d'overgrote liberteit in het plegen van hare godsdienst tot groote ergernisse van die van de gereformeerde religie. Hebben eenpariglijk goedgevonden en verstaan de roomsgezinden alhier bij provisie niet alleen te interdiceren den verdere aenbouw van deze kerke, maar te gelasten gene vergaderingen over 't stuck van haren godsdienst te houden voor en aleer ze haar edelachtbaren, ballieu, burgemeesters en schepenen, behoorlijk contentement en satisfactie van hare inobediëntie en ongehoorde stoutigheid zullen hebben gegeven. De baljuw wordt verzocht ingevolge de placcaten van den lande daar tegen (zoveel doenlijk) te vigileren, opdat die al te grote libertie ingetoomd, alle ergernissen weggenomen en verhinderd mogen worden. En zal van deze haar agtbaren ernstige resolutie aan enige der voornaamste papisten worden toegezonden tot naerichtinge.